Les bases australes ne sont pas équipées de port permettant l’accueil du Marion Dufresne. Le navire ravitailleur des TAAF se positionne entre 800 et 1000 m des bases de Crozet et Amsterdam et de Kerguelen dans le golfe du Morbihan. Le lien entre le navire et la terre s’effectue en mettant en œuvre des moyens annexes : hélicoptère pour les personnes et les charges ne dépassant pas 750 kg pour le modèle B2 ou 1 tonne pour le modèle B3 et par moyen nautique pour les charges les plus lourdes.
À Kerguelen, c’est un chaland, L’Aventure II, basé en permanence dans le district austral, qui est utilisé pour faire le lien entre la base de Port aux Français et le Marion Dufresne II. Afin de renforcer encore les capacités de débarquement du navire au profit de bases qui ne sont pas équipées d’infrastructures portuaires, et pour assurer une sécurité optimale des opérations logistiques, les TAAF ont décidé la fabrication d’un « mini-chaland », navire d’appoint destiné à être embarqué sur le Marion Dufresne.
Outre le transport des passagers et du fret, la livraison du carburant destiné à la production d’énergie sur les bases est également effectuée par le Marion Dufresne. Le carburant transporté dans les soutes du navire (capacité de 1000 m3) est transféré sur les bases australes à l’aide d’une manche à gasoil placé sur un enrouleur. Ce dernier permet la mise à l’eau de la manche (sur plusieurs centaines de mètres) par laquelle s’effectue le transfert du carburant sous pression entre le navire et les unités de stockage des bases.
Même si les moyens mis en œuvre pour assurer la desserte des îles subantarctiques ont évolué depuis les années 50, les difficultés liées aux conditions climatiques restent les mêmes ; la logistique des TAAF ne saurait être efficace sans le savoir-faire et l’expérience acquise depuis plus de 50 ans par les équipes des TAAF.